(کریمی بعد از فیلیپ لام دومین خرید فصل نقل و انتقالات بایرن مونیخ به شمار می رفت.) در ابتدا برخی معتقد بودند که انتقال کریمی برای این باشگاه تنها جنبه اقتصادی دارد، اما بازی‌های خوب این بازیکن مانع این انتقادات شد. کریمی از همان ابتدای فصل خود را در ترکیب بایرن مونیخ جا انداخت و پس از گذشت ۲ هفته از شروع بوندسلیگا به عنوان هشتمین بازیکن برتر این لیگ معرفی شد. او خیلی زود توانست در جمع نامداران این باشگاه نظیر میشائیل بالاک، سباستین دایسلر، مارتین دمیکلیس،باستیان شواینشتایگر، مهمت شول و زی روبرتو برای خود جایگاهی ثابت دست و پا کند، به طوری که برخی از این بازیکنان نیمکت نشین شدند.

 کریمی اولین بازی رسمی خود را برای بایرن مونیخ را در مرداد ماه ۱۳۸۴ در جام اتحادیه آلمان مقابل اشتوتگارت انجام داد و در هفته دوم بوندسلیگا اولین گل خود در بایرن مونیخ را مقابل بایرلورکوزن به ثمر رساند، تا با زدن ۱ گل و دادن ۱ پاس گل در پیروزی پرگل این تیم نقش موثری داشته باشد. کریمی در هفته پایانی نیم فصل بوندسلیگا در مقابل بروسیا دورتموند یکی از ۲ گل بایرن مونیخ را روی یک حرکت تکنیکی به ثمر رساند تا با قهرمانی نیم فصل بوندسلیگا به تعطیلات زمستانی برود. کریمی در ارزیابی نقل و انتقالات مهم نیم فصل بوندسلیگا توسط اتحادیه فوتبال اروپا (یوفا)، در کنار فیلیپ لام به عنوان تقویت کننده خط میانی بایرن مونیخ نام برده شد. او در تعطیلات نیم فصل بوندسلیگا به همراه بایرن مونیخ به ایران سفر کرد تا در بازی خداحافظی احمد رضا عابدزاده (همبازی سابق خود در تیم ملی و پرسپولیس) در مقابل تیم سابق خود به میدان برود. در بین دونیمه این بازی باشگاه پرسپولیس از علی کریمی تجلیل به عمل آورد.

طبق یکی از بندهای قرارداد کریمی و بایرن مونیخ، پس از ۲۵ بازی این قرارداد به طور خودکار تمدید می‌شد که در بازی با هامبورگ که بیست و پنجمین بازی کریمی محسوب می‌شد این اتفاق افتاد،اما در همین بازی وی بشدت مصدوم شد، وپس از سپری کردن یک فصل موفق در این تیم،نتوانست در بازیهای جام جهانی ۲۰۰۶ آلمان در اندازه‌های واقعی خود ظاهر شود. بدین ترتیب کریمی تا پایان فصل بازیهای بایرن مونیخ در بوندسلیگا و بازی های برگشت لیگ قهرمانان اروپا را از دست داد. کریمی در فصل ۲۰۰۶-۲۰۰۵ توانست به همراه بایرن مونیخ به قهرمانی بوندسلیگا و جام حذفی آلمان دست پیدا کند. او قبل از مصدومیت ۳ بار برای بایرن مونیخ در لیگ قهرمانان اروپا به میدان رفت. کریمی در ولین بازی خود در لیگ قهرمانان اروپا در مقابل سالزبورگ اتریش یک گل زد و یک پاس گل دادو عملکرد مطلوبی در مقابل آ.ث. میلان ایتالیا ارائه کرد. 

کریمی که فصل دوم حضور در بوندسلیگا را با مصدومیت ناشی از رقابت های جام جهانی (که ریشه در بازی فصل گذشته بایرن مونیخ در برابر هامبورگ داشت) شروع کرده بوددر همان ابتدای فصل بازیهای بایرن مونیخ را از دست داد[ و پس از سیاست های باشگاه بایرن مونیخ مبنی بر استفاده بیشتر از بازیکنان بومی آلمانی، در طول فصل کمتر مورد استفاده قرار گرفت، این در حالی بود که فصل گذشته، فیلیکس ماگات از کریمی به عنوان یکی از جانشینان مناسب برای جانشینی میشائیل بالاک در صورت جدایی این بازیکن شاخص از بایرن مونیخ یاد کرده بود. کریمی در هفته آخر بوندس‌لیگا با پیراهن ‌بایرن مونیخ توانست برابر تیم ماینتس گلزنی کند، تا وداعی با شکوه با آلیانتس آرنا داشته باشد. کریمی که پیش از مصدومیت در ۸۷% بازی های بایرن مونیخ در بوندسلیگا به میدان رفته بود و تنها در ۳ دیدار این تیم در بوندسلیگا نیمکت نشین بود، در مجموع با ۴۲ بازی رسمی در دو فصل برای بایرن مونیخ در بوندسلیگا، جام حذفی و لیگ قهرمانان اروپا به کار خود در این تیم پایان داد.

 حضور در قطر علی کریمی پس از پایان قرارداد با باشگاه بایرن مونیخ، از باشگاه فوتبال موناکو فرانسه، چند تیم آلمانی و اسپانیایی پیشنهاداتی دریافت کرد، که به خاطر نزدیکی به خانواده به همگی آنها پاسخ منفی داد و به قطر رفت و با مبلغ ۶ ملیون دلار برای تیم القطر آن کشور بازی کرد کریمی فصل بعد به همراه تمامی بازیکنان خارجی القطر از این تیم جدا شد و با تصمیم کمیته ملی المپیک قطر (که مسئولیت عقد قرارداد با بازیکنان خارجی و انتخاب تیم های آنها را برعهده دارد) به تیم فوتبال السیلیه پیوست،اما وی خواستار جدایی از آن تیم شد و سپس به پرسپولیس بازگشت. بازگشت به پرسپولیس کریمی در پرسپولیس ۱۳۸۸ علی کریمی در سال ۲۰۰۸ علارقم پیشنهاداتی از اسپانیا، آمریکا، ژاپن و امارات در زمان مدیریت داریوش مصطفوی در باشگاه پرسپولیس با مبلغ حدود ۳۱۰ هزار دلار آمریکا ابتدا به صورت قرضی و سپس در تاریخ ۶ سپتامبر ۲۰۰۸ به طور رسمی قرارداد یک‌ساله با تیم سابقش امضا کرد  و پس از ۲۷۱۷ روز در حضور قریب به یکصد هزار تماشاگر در هشتمین هفته از هشتمین دوره لیگ برتر ایران بار دیگر برای پرسپولیس به میدان رفت و به مدت ۲۰ دقیقه بی وقفه مورد تشویق هواداران قرار گرفت تا بازگشتی باشکوه به فوتبال ایران داشته باشد.

کریمی که به علت اختلافات ریشه ای میان او و سرمربی وقت تیم ملی (علی دایی) از تیم ملی کنار گذاشته شده بود  در ۴ بازی اول خود در لیگ برتر برای پرسپولیس ۵ بار گلزنی کرد تا نشان دهد کنار گذاشته شدن او از تیم ملی دلیل فنی نداشته و رفتار های اخیر در تیم ملی با او بدور از خلوص نیت بوده است. دایی پس از بازی های درخشان کریمی در لیگ او را به تیم ملی دعوت کرد اما این بار این کریمی بود که دعوت او را نپذیرفت کریمی در اولین گلزنی خود پس از بازگشت به پرسپولیس٬ توانست در دقایق پایانی شهرآورد ۶۵ موفق به گلزنی شود. بدین ترتیب او پس از شهرآورد جنجالی ۴۹ برای دومین بار ناجی پرسپولیس در مقابل استقلال تهران شد کریمی پنج روز بعد در بازی مقابل ابومسلم، هت‌تریک کرد  و در هفته یازدهم لیگ برتر در مقابل دیدگان دایی، پنجمین گل خود را در بازی با برق شیراز به ثمر رساند. کریمی در مجموع ۲۱ بار در لیگ برتر برای پرسپولیس به میدان رفت. او در بازی برگشت در مقابل استقلال با گرفتن پنالتی در دقایق پایانی بازی برای سومین بار مانع از شکست پرسپولیس در شهرآورد تهران شد. پرسپولیس در ۶ هفته غیبت کریمی (که غالبا به مصدومیت او از ناحیه کمر مربوط میشد) از ۱۸ امتیاز ممکن تنها ۲ امتیاز کسب کرد  تا افشین قطبی و نلو وینگادا از دست دادن امتیازات پرسپولیس را متاثر از غیبت او بدانند. 

کریمی در مجموع ۵ بار برای پرسپولیس در لیگ برتر گلزنی کرد و با دادن ۶ پاس گل و گرفتن ۳ پنالتی نقش موثری را در امتیازات بدست آمده پرسپولیس در لیگ برتر ایفا کرد. کریمی که آخرین بار در خرداد ماه سال ۱۳۸۰ در مقابل سوون سامسونگ برای پرسپولیس در جام باشگاه های آسیا به میدان رفته بود  پس از ۸ سال بار دیگر برای پرسپولیس در لیگ قهرمانان آسیا به میدان رفت. او در اولین بازی پرسپولیس در مقابل الشارجه امارت ۱ گل زد و ۱ پاس گل داد تا به عنوان بهترین بازیکن زمین انتخاب شود.  کریمی در مجموع ۶ بازی برای پرسپولیس در لیگ قهرمانان آسیا، ۲ گل به ثمر رساند تا تعداد گلهای آسیایی خود در پرسپولیس را به عدد ۷ برساند.  او در این مسابقات ۲ پاس گل داد  و در ۲ بازی به عنوان بهترین بازیکن زمین انتخاب شد کریمی که تا آخرین ساعات نقل و انتقالات لیگ برتر فوتبال ایران در پی بستن قرارداد با باشگاه پرسپولیس بود و اعلام کرده بود با قرارداد سفید برای این تیم بازی خواهد کرد در نهایت توسط عباس انصاری فرد از پرسپولیس کنار گذاشته شد. 

این درحالی بود که فصل گذشته وی، موثرترین بازیکن پرسپولیس به شمار می رفت.  عباس انصاریفرد دو جای خالی لیست بازیکنان پرسپولیس را نیز با عادل کلاه کج و هوار ملا محمد پر کرد تا مانع بازگشت احتمالی کریمی به پرسپولیس شود. این در حالی بود که نلو وینگادا نیز در زمان ترک ایران اعلام کرد که مسئولان باشگاه پرسپولیس خواستار نیمکت نشینی علی کریمی بوده اند. بدین ترتیب کریمی پس از اتفاقات بازی ایران و کره جنوبی در مسابقات مقدماتی جام جهانی ۲۰۱۰ و ضد و نقیض گویی های عباس انصاری فرد از پرسپولیس جدا شد و به استیل آذین پیوست.